El deseo de revivir a su madre provocó que los hermanos Edward y Alphose Elric desafiasen esta norma. No sólo no lograron su objetivo sino que además Edward perdió un brazo y una pierna, y Alphonse, su cuerpo completo (logrando luego adosar su espíritu al de una vieja armadura). Ahora, enrolados en la división de alquimistas del ejército de Amestris (el país que habitan), Edward y Alphonse van en busca de la piedra filosofal, que podría devolverlos a la normalidad. Lo que no se esperan es que detrás de esa piedra filosofa hay toda una conspiración en las sombras, que pretende destruir al mundo entero…